宿务属典型热带海洋性气候，全年分干、湿两季。每年3-6月是干季，天气炎热少雨。7-2月是湿季，天气多雨潮湿。全年平均温度在24- 34°C，湿度在70-80%。
菲律宾中部属地震、台风和暴雨等自然灾害频发地区。每年下半年，大小台风过境宿务频繁，尤其是宿务岛北部地区，地处台风通道，受灾较为严重。2013年11月，台风海燕造成宿务北部73人死亡，348人受伤，多处房屋被毁，至今仍有许多学校、医院、民房等未恢复重建。2012年8月，临近宿务岛的内阁罗岛发生里氏6.7级地震，宿务震感强烈。
