哈萨克斯坦边境小镇多斯特克的调度员给予这列货车最高通行权限，优先于包括客列在内的其他所有列车。车上有受过特别训练的警卫。在后来的旅程中，当列车横穿杳无人烟的欧亚大草原时，端着AK-47突击步枪的警卫登上火车头，留意可能试图开到近旁抢劫列车的强盗。有时候，警卫甚至还会坐到钢质集装箱的顶上。

2011年的时候，惠普公司曾做过一次发货试验，在一列普通的货运列车上用一个未密封的集装箱发运200台电脑。这批货物在通关时经过繁琐的海关检查，等火车到达德国时，其中很多电脑早就不翼而飞了。

哈萨克斯坦、俄罗斯和白俄罗斯创建了一个2012年1月全面生效的海关联盟，取消了穿越三国边境时冗长的海关检查。此举为运输节省了好几天时间，还大大减少了货物失窃的情况。

中欧班列的高货值吸引了众多人的关注，也包括盗窃集团。偷盗事情仍不时发生，不仅仅发生在独联体国家，同样有可能发生在欧洲主要的到达场站，然而由于各国的监管，中欧班列还是最安全的运输方式之一。

考虑到安全因素，也是为了收集更多信息，俄罗斯正在考虑使用带有GLONASS导航技术的电子封条。俄罗斯副总理马克西姆·阿基莫夫已经指示交通部、工业和贸易部、电信部、经济发展部和联邦海关总署制定新的规定。

对于发生的损失，通常保险公司都会赔偿，对于高价值货物的安全运输还是一个全新的课题，经过的国家很多，中间停留次数同样很多，参与环节也很多，海关、铁路公司、货代、铁路场站、拖车公司等等，其中任何一个环节出现问题，都会带来灾难性的结果，真正的安全也需要多点治理，多方合作，统一监管。